Công trình Thủy điện Vĩnh Sơn 5 nằm trên Sông Kone thuộc tỉnh Bình Định. Diện tích lưu vực tính đến tuyến đập Vĩnh Sơn 5 là 482km2, chiều dài lòng sông chính tính đến tuyến công trình khoảng 40km, cách vị trí nhà máy thủy điện Vĩnh Sơn hiện đang vận hành khoảng 1km về phía hạ lưu.